Сеть основана в 1995 году, первый супермаркет был открыт в Москве. В 2002 году «Перекрёсток» начал открывать магазины в других российских регионах. В 2003–2004 годах «Перекрёсток» приобрел несколько региональных сетей: Spar Middle Volga в Нижнем Новгороде (2003) и «365» в Ярославле и «Далпорт» в Краснодаре (2004). В 2006 году произошло слияние торговых сетей «Пятёрочка» и «Перекрёсток», образована компания X5 Retail Group, при этом название торговой сети сохранено.
В 2020 году запущена программа обновления: около половины торгового зала должны занимать продукты категории fresh, предусмотрена специальная зона с товарами для ведения здорового образа жизни. Для удобства посетителей в новых и обновлённых «Перекрёстках» площадью более 800 кв. м. предусмотрят два покупательских пути: короткий и длинный. Первый складывается из зоны с овощами и фруктами, салат-бара, кулинарии, кафе и пекарни. В свою очередь длинный маршрут проходит по периметру торгового зала через отделы с рыбой, мясом, деликатесами, молочной продукцией, бакалеей, напитками, сопутствующими товарами.
В 2019 году после подведения итогов работы новых экспериментальных супермаркетов X5 Retail Group объявила о решении трансформировать сеть гипермаркетов «Карусель» в течение двух лет, при этом 34 гипермаркета «Карусель» (8 арендованных и 26 собственных) к началу 2021 года трансформируют в супермаркеты большого формата и передадут в управление торговой сети «Перекрёсток».
В конце 2021 года сеть объявила о начале тестирования обновленного формата небольших магазинов с усеченным ассортиментом, состоящим из наиболее популярных товаров. Он включает от 8 000 до 15 000 товарных позиций, а торговая площадь составляет в среднем 1021 кв.м, включая расширенную линейку собственной торговой марки «Зелёная Линия» (более 350 позиций), готовая еда и широкий ассортимент продуктов в категории «фреш»: молочная и мясная гастрономия, хлебобулочные и кондитерские изделия, фрукты, овощи. Также «Перекрёсток» имеет специальную зону кафе с открытой кухней, пиццерию, пекарню полного цикла и тандыр в супермаркетах для посетителей.
По итогам 2022 года под управлением компании находилось 971 супермаркет «Перекрёсток».
