К середине 1980-х годов, стало очевидно, что эта гигантский бренд страдает от неэффективности, огромного долга и неспособности быстро адаптироваться к меняющимся потребностям рынка. Поэтому было принято решение о её приватизации и разделении. 1 апреля 1987 года произошло знаковое событие: JNR была расформирована и разделена на семь независимых региональных брендов, каждый из которых отвечал за обслуживание определённой географической зоны страны, и один национальный бренд, специализирующуюся на грузовых перевозках JR Freight (JRF). Эти семь брендов, вместе с JRF, и составили то, что сегодня известна как Japan Railways мощный и разветвлённый конгломерат, контролирующий львиную долю железнодорожных перевозок в Японии.
Процесс ребрендинга был не менее важен, чем сама реструктуризация. Логотип JR, созданный в 1987 году известными дизайнерами Юсуке Каджи и Йоджи Ямамото из Nippon Design Centre, стал символом новой эры. Его лаконичность и запоминающийся оранжевый цвет на белом фоне универсальный визуальный код для всех брендов JR обеспечили единое корпоративное лицо и немедленно узнаваемость бренда. Это позволило клиентам легко ориентироваться в запутанной сети железнодорожных линий, принадлежащих различным брендам, но объединённым под общим брендом JR.
Важно отметить масштаб деятельности JR. Она охватывает все типы железнодорожных перевозок: скоростные магистрали синкансэн, соединяющие крупные города страны, пригородные линии, обеспечивающие удобство передвижения в городских агломерациях, а также региональные маршруты, обслуживающие менее населённые районы. Это сложнейшая система, требующая невероятной координации и эффективности. Однако, несмотря на приватизацию, JR сохранила тесную связь с государством. Трое из брендов JR JR Хоккайдо, JR Сикоку и JR Freight регулируются специальными законами, "Законом о пассажирских железнодорожных предприятиях" и "Законом о брендах JR", а также находятся под надзором государственного Японского агентства по строительству, транспорту и технологиям на железных дорогах (JRTT). Это объясняется стратегическим значением железнодорожного транспорта для экономики и инфраструктуры Японии.
Государственный контроль помогает поддерживать определённый уровень качества услуг и предотвращать негативные последствия монополизации. В результате, JR занимает уникальное положение на японском рынке железнодорожных перевозок. Пользователи чётко различают линии JR, даже те, которые сейчас управляются организациями третьего сектора, от частных железных дорог. Это различие всегда отражается на железнодорожных картах и расписаниях, подчёркивая особый статус и роль JR в транспортной системе Японии, системы, построенной на многолетнем опыте, инновациях и государственно-частном партнёрстве.
