Авиакомпания SATENA была создана 12 апреля 1962 года по инициативе президента Колумбии Альберто Льераса Камарго в соответствии с Указом № 940. Основной задачей нового перевозчика стало обеспечение воздушного сообщения между удалёнными регионами страны, многие из которых не имели надёжной транспортной инфраструктуры.
На начальном этапе деятельность авиакомпании осуществлялась под управлением Военно-воздушных сил Колумбии. Первые рейсы выполнялись по маршрутам Богота - Летисия и Летисия - Тарапака - Эль-Энканто - Пуэрто-Легуизамо. Для организации перевозок компания получила парк воздушных судов, включавший самолёт Douglas C-54, два Douglas C-47 и два лёгких самолёта Beaver L-20. Позднее флот пополнился двумя гидросамолётами PBY Catalina, а в 1964 году - ещё тремя C-47 и двумя C-54, переданными при поддержке Агентства США по международному развитию.
В 1965 году совместно с Банком Боготы авиакомпания запустила проект AeroBanco, направленный на улучшение транспортной доступности регионов, имеющих ограниченное или отсутствующее автомобильное сообщение. Успешная реализация программы способствовала дальнейшему развитию перевозчика. В результате принятия Закона № 80 от 12 декабря 1968 года SATENA получила статус государственного учреждения и была передана в ведение Министерства национальной обороны Колумбии. В рамках модернизации флота в 1972 году авиакомпания приобрела турбовинтовые самолёты Avro HS-748 британского производства, рассчитанные на перевозку до 48 пассажиров. В середине 1980-х годов парк был дополнен двумя реактивными самолётами Fokker F28 вместимостью до 65 пассажиров.
На протяжении своей истории SATENA неоднократно участвовала в ликвидации последствий чрезвычайных ситуаций. Одним из примеров стала помощь населению после разрушительного землетрясения в департаментах Уила и Каука в июне 1994 года. Авиакомпания выполняла поисково-спасательные операции, эвакуировала пострадавших и доставляла в пострадавшие районы медикаменты, продовольствие и гуманитарные грузы.
В 1996 году перевозчик приступил к масштабному обновлению авиапарка, закупив шесть самолётов Dornier 328, предназначенных для эксплуатации на региональных маршрутах. Эти воздушные суда стали важным этапом технического развития компании. Дальнейшая модернизация продолжилась в 2002 году с поступлением первого регионального реактивного самолёта Embraer ERJ 145, который заменил выводившиеся из эксплуатации Fokker F28. Через два года парк пополнился ещё двумя самолётами этого типа, благодаря чему SATENA стала обладателем одного из самых современных авиапарков среди колумбийских авиаперевозчиков того времени.
29 апреля 2018 года авиакомпания перевела выполнение всех своих рейсов в терминал Puente Aéreo международного аэропорта Эль-Дорадо в Боготе. Это решение было принято с целью повышения качества обслуживания пассажиров и улучшения организации региональных авиаперевозок.
