27 октября 2008 года Японское бюро гражданской авиации (JCAB) выдало Embraer сертификат типа, разрешающий использование Embraer E170 в Японии. Fuji Dream Airlines стала вторым японским пользователем Embraer после J-Air, получив свой первый Embraer E170 20 февраля 2009 года. 15 июня 2009 года контракт между Embraer и авиакомпанией был пересмотрен, что позволило авиаперевозчику приобрести более крупный Embraer E175, который был поставлен в январе 2010 года.
Первый рейс авиакомпании состоялся 23 июля 2009 года. Первоначально выполнялось два ежедневных рейса в аэропорт Комацу и по одному в Кагосиму и Кумамото из аэропорта Сидзуока. 1 апреля 2010 года авиакомпания начала выполнять три ежедневных рейса между аэропортом Мацумото и Фукуокой и один ежедневный рейс между Мацумото и Саппоро Титосэ, взяв на себя обслуживание маршрутов Japan Airlines (JAL) в рамках нового соглашения о совместном использовании кодов.
По мере поступления новых самолетов маршрутная сеть Fuji Dream Airlines расширялась, включая рейсы из Сидзуоки и аэропорта Нагоя Комаки в Фукуоку в октябре 2010 года, из Нагоя Комаки в Кумамото и из Сидзуоки в Саппоро Титосе в марте 2011 года, из Нагоя Комаки в Аомори и Ханамаки в августе 2011 года, а также между Фукуокой и Ниигатой в октябре 2011 года. В январе 2013 года авиакомпания добавила аэропорт Коти в качестве нового направления с обслуживанием из Нагоя Комаки, начиная с марта 2013 года. В марте 2014 года авиакомпания добавила аэропорт Ямагата в качестве нового направления с обслуживанием из Нагоя Комаки. В марте 2015 года авиакомпания добавила новые рейсы в Идзумо и Китакюсю из аэропорта Нагоя Комаки.
В апреле 2016 года авиакомпания объявила о рейсах во второй аэропорт Саппоро, а в июне 2016 года начались полеты в аэропорт Окадама из Сидзуоки. В январе 2018 года авиакомпания Fuji Dream Airlines объявила о запуске новых маршрутов из Идзумо в Сидзуоку и аэропорт Сендай в марте и апреле 2018 года соответственно. В конце 2019 года авиакомпания добавила новые маршруты в аэропорт Кобе из Идзумо, Коти и Мацумото.
