История национального авиаперевозчика Хорватии началась 20 июля 1989 года с регистрации компании Zagal (Zagreb Airlines). На первоначальном этапе её деятельность была сосредоточена исключительно на грузовых перевозках. Для выполнения почтовых рейсов по заказу международной логистической компании UPS использовался единственный самолёт Cessna 402. После политических изменений в стране и проведения первых демократических выборов в 1990 году авиакомпания получила новое название - Croatia Airlines. С этого момента ей была отведена роль национального авиаперевозчика независимой Хорватии.
Первый пассажирский рейс компания выполнила 5 мая 1991 года по маршруту Загреб - Сплит. Для обслуживания направления был арендован самолёт McDonnell Douglas MD-82. Однако начавшаяся война за независимость Хорватии и закрытие воздушного пространства вынудили перевозчика временно прекратить выполнение регулярных рейсов.
После стабилизации ситуации Croatia Airlines приступила к активному развитию маршрутной сети и обновлению флота. В 1992 году авиакомпания приобрела у Lufthansa три самолёта Boeing 737 и открыла своё первое международное направление, связав Загреб с Франкфуртом. В том же году перевозчик вошёл в состав Международной ассоциации воздушного транспорта (IATA).
Год спустя парк воздушных судов пополнился двумя турбовинтовыми самолётами ATR 42 и ещё двумя Boeing 737. Кроме того, компания расширила сферу деятельности, приобретя туристическое агентство Obzor для формирования комплексных туристических предложений. Одним из наиболее значимых событий в истории перевозчика стал 1996 год, когда Croatia Airlines стала первой авиакомпанией, возобновившей регулярное гражданское авиасообщение с Сараево после завершения Боснийской войны.
Во второй половине 1990-х годов руководство компании приняло решение о модернизации флота и переходе на самолёты Airbus. Первый Airbus A320, получивший имя «Риека», был введён в эксплуатацию в 1997 году. Уже через год парк пополнился Airbus A319 под названием «Задар». К концу десятилетия процесс обновления был завершён, а самолёты Boeing были полностью выведены из эксплуатации. Важной вехой в развитии авиакомпании стало вступление в международный авиационный альянс Star Alliance в 2004 году. Членство в объединении способствовало расширению маршрутной сети и укреплению позиций Croatia Airlines на мировом рынке авиаперевозок.
В период с 2008 по 2010 год перевозчик продолжил модернизацию флота, заменив самолёты ATR 42 на шесть современных региональных лайнеров Bombardier Dash 8 Q400. В 2013 году компания начала сотрудничество с United Airlines в рамках соглашения о совместном использовании кодов рейсов, что позволило предложить пассажирам дополнительные возможности для путешествий.
В 2016 году Croatia Airlines установила собственный рекорд по расширению маршрутной сети, открыв за один сезон сразу четыре новых европейских направления: Прагу, Милан, Лиссабон и Санкт-Петербург. Годом позже была представлена тарифная программа FlyEasy, ориентированная на пассажиров, путешествующих только с ручной кладью и заинтересованных в более доступной стоимости перелёта.
Новый этап развития начался в 2022 году, когда авиакомпания объявила о полном обновлении парка воздушных судов и переходе на самолёты семейства Airbus A220. Реализация этой программы направлена на повышение эффективности эксплуатации, снижение расхода топлива примерно на четверть и сокращение выбросов углекислого газа. Первый Airbus A220-300, получивший имя «Загреб», прибыл в столичный аэропорт Хорватии в июле 2024 года. Символично, что дебютные коммерческие рейсы нового самолёта были выполнены по маршрутам Загреб - Сплит и Загреб - Франкфурт, сыгравшим важную роль в истории развития авиакомпании.
