Binter Airlines была основана в 1988 году и начала выполнять полёты весной 1989 года. Изначально перевозчик был создан как дочерняя структура испанской авиакомпании Iberia и ориентировался на обеспечение регионального авиасообщения между островами Канарского архипелага. За годы работы авиакомпания превратилась в одного из ведущих региональных авиаперевозчиков региона. Сегодня Binter играет ключевую роль в транспортной системе Канарских островов, выполняя рейсы во все восемь аэропортов архипелага и обеспечивая регулярное сообщение между островами.
Помимо внутренних маршрутов, авиакомпания постепенно расширила международную сеть. Перевозчик выполняет рейсы в различные города Испании, Португалии, Кабо-Верде и стран Северной и Западной Африки. Среди международных направлений присутствуют города Марокко, Португалии, Мавритании и других государств региона. В разные годы компания также предпринимала попытки развития маршрутов в другие европейские города, однако часть из них впоследствии была закрыта по коммерческим причинам.
В конце 1990-х годов в рамках программы приватизации испанского государственного авиационного сектора Binter Airlines была выведена из состава государственных активов. Позднее контроль над авиаперевозчиком перешёл к инвестиционной группе Hesperia Inversiones Aéreas, которая завершила процесс консолидации бизнеса и продолжила развитие бренда Binter. Для обеспечения высокого уровня обслуживания авиакомпания создала собственную инфраструктуру поддержки. Наземное обслуживание пассажиров и воздушных судов осуществляется специализированными подразделениями группы, а техническое обслуживание флота выполняется дочерней компанией BinterTechnic.
